KSPN Pogoń Kraków powstała jako Ludowy Zespół Sportowy Pogoń Skotniki 15 września 1948 roku. Założycielami klubu byli mieszkańcy osiedla Skotniki: Jan i Leszek Gruca, Tadeusz Kras oraz Ignacy Piskorz. Stowarzyszenie prowadziło wtedy działalność sportową w jednej sekcji, piłki nożnej.
Początkowo klub nie dysponował własnym boiskiem sportowym dlatego mecze rozgrywano na terenie osiedla Kobierzyn. Historycznym dniem dla Pogoni był 5 maja 1957 roku, kiedy to na własnym już boisku, przy ulicy Kozienickiej, drużyna rozegrała zwycięski mecz z Zieleńczanką. Niestety, po ośmiu latach gry na swoim obiekcie, zawodnikom i kibicom Pogoni została odebrana radość posiadania własnego boiska przez władze ówczesnej dzielnicy Podgórze. Zbyt mocno jednak zakorzenił się już w społeczności lokalnej duch sportu, by miała się ona poddać. Mieszkańcy Skotnik oddali wtedy własne działki pod nowe boisko i już w następnym roku piłkarzy Pogoni można było oglądać przy ulicy Batalionów Chłopskich. Drużyna nie wyszła jednak poza klasę C aż do 11 listopada 1968 roku. Fakt ten, trudne czasy oraz pewne kłopoty organizacyjne spowodowały, że Zarząd Pogoni zawiesił działalność sportową. Na efekty tej decyzji nie trzeba było długo czekać; władze dzielnicowe sprzedały teren klubu spółdzielni mieszkaniowej.
Mieszkańcy osiedla Skotniki nie zapomnieli jednak o klubie i po latach postanowili ponownie zawalczyć o zaplecze sportowe dla młodzieży. W 1990 roku rozpoczęły się poszukiwania odpowiedniego terenu. Wybór padł na działkę między ulicami Baczyńskiego i Szymonowica. 16 września, podczas zebrania mieszkańców osiedla, wybrano Zarząd Osiedlowego Stowarzyszenia Kultury Fizycznej „Pogoń” Skotniki, na którego czele stanął Zbigniew Zaczyński. Nowy zarząd opracował statut. 16 października klub został reaktywowany i wpisany do rejestru w Urzędzie Wojewódzkim. Na wiosnę 1992 roku powstały sekcje piłki nożnej i judo. W tymże roku zaczęto również budować obiekt sportowy. Powstało boisko do piłki nożnej, trybuny na 600 miejsc i budynek socjalny. Wiosną 1994 roku, po 26 latach przerwy, Pogoń znów zagrała na własnym boisku, a 22 maja nastąpiło oficjalne otwarcie obiektu z udziałem wielu znamienitych gości.
Z czasem obiekt ogrodzono, odwodniono płytę boiska, zamontowano 400 krzeseł na trybunach, wykonano zadaszenie trybun i oświetlenie boiska, wybudowano boisko do koszykówki i siatkówki. Zakończono także rozbudowę budynku socjalno-sportowego.
W nowym wieku natomiast wykonano profesjonalny drenaż murawy wraz z nowoczesnym, automatycznym systemem nawadniania. Zlikwidowano asfaltowe boiska do koszykówki i siatkówki, powiększając teren treningowy.
Dziś przy ulicy Baczyńskiego 13 znajduje się ładny, kameralny obiekt, na którym przy okazji meczów w Małopolsce trenowały m.in. pierwsze zespoły Arki Gdynia, ŁKS Łódź, Rakowa Częstochowa czy Miedzi Legnica.
Wracając do lat 90-tych i działalności sportowej – po reaktywacji klub cieszył się sporym zainteresowaniem. Notowano wtedy największą w historii frekwencję na trybunach, które niejednokrotnie zapełniały się po brzegi. 500-600 osób na ligowych spotkaniach w tamtym czasie było normą. W zespole grali wychowankowie, ale była to bardzo zdolna grupa i szybko przyszły awanse – do klasy B, potem do A, wreszcie do klasy okręgowej. W „okręgówce” Pogoń spędziła 15 lat, co jest swoistym rekordem krakowskich lig na tym poziomie rozgrywkowym. Niestety po sezonie 2013/2014 (utrzymując się nadal w lidze okręgowej) pierwszy zespół został zlikwidowany, a powodem tego stanu rzeczy były przede wszystkim finanse.
W tym samym czasie, od początku 2013 roku przy klubie zaczynała rozwijać się akademia piłkarska, początkowo wydzielona z bezpośrednich struktur. W samym klubie nadal działały zespoły młodzików, trampkarzy, juniorów młodszych i starszych, ale młodsze dzieci trenowały w ramach budowanej od podstaw szkółki piłkarskiej.
Akademia rozwinęła się tak prężnie, że w przeciągu kilku lat z pierwszych kilkunastu zawodników, stała się najliczniejszym zrzeszeniem piłkarskim dzieci w Krakowie i okolicach (od wielu sezonów między 500 a 600 młodych zawodników w strukturach), prowadząc szkolenie we wszystkich kategoriach wiekowych.
Ważny w tym aspekcie stał się także moment rozpoczęcia współpracy w 2016 roku ze znanym centrum sportowym J&J, znajdującym się również w Skotnikach, zaledwie 1,5 km od siedziby klubu.
Tam w doskonałych warunkach (sztuczne murawy, sale, kilka boisk) odbywa się dziś większość treningów grup młodzieżowych, których łączna liczba w klubowych strukturach (ostatecznie złączonych w jedną całość z akademią w 2018 roku) wynosi ok. 25!
2018 rok był wyjątkowy również pod jednym względem. Wtedy to, w roku 70-lecia klubu doszło do nieformalnej jeszcze zmiany nazwy z OSKF Pogoń Skotniki na KSPN Pogoń Kraków.
Dyrektorem sportowym Pogoni od sierpnia 2018 roku jest szkoleniowiec Reprezentacji Polski w Amp Futbolu Marek Dragosz. W klubie pracuje obecnie kilkudziesięciu trenerów, a akademia funkcjonuje w sposób profesjonalny. W jej sztabie szkoleniowym znajdują się również trenerzy przygotowania motorycznego, fizjoterapeuta, psycholog sportowy czy dietetyk. Prowadzone są także oczywiście treningi bramkarskie, motoryczne czy siłowe.
W połowie 2017 roku reaktywowano zespół seniorów, który w ciągu 2 lat błyskawicznie awansował z klasy C do B, a następnie z klasy B do A. Na kolejny awans (do V ligi), który wydarzył się w 2021 roku, przyszło czekać ledwie dwa sezony. Mocną reprezentację w pierwszej drużynie mają młodzi piłkarze, wychowankowie akademii, z wprowadzania których do seniorskiej piłki klub jest obecnie znany.
Barwy Pogoni to niebieski (w tym jego błękitny i granatowy odcień) oraz biały.
